El desarrollo rural en las zonas organizadas colectivamente durante el sexenio cardenista enfrentó varias dificultades. En La Laguna, por ejemplo, la carencia de agua y la sobrepoblación limitaron el desarrollo agrícola. Durante la época del reparto hubo en la región más trabajadores que los realmente necesarios, por lo que los 35 000 jornaleros beneficiados con tierras fueron más de los que podían incorporarse de manera eficiente. Con el paso del tiempo esto generó desempleo y conflictos. La forma en que se distribuyeron las tierras también originó problemas. La rapidez del reparto y la carencia de planeación, así como el respeto a la pequeña propiedad de los hacendados, dio como resultado un mosaico irregular de pedazos de haciendas y ejidos, lo cual no condujo a una administración y manejo adecuado y eficaz de la tierra.

Durante los gobiernos posteriores a Cárdenas se sumaron otros problemas. El gobierno de Ávila Camacho y los que le sucedieron se oponían ideológicamente a los ejidos colectivos. El papel del Banco Nacional de Crédito Ejidal fue limitado severamente; las organizaciones campesinas de La Laguna fueron boicoteadas y atacadas por organizaciones rivales, con lo cual se inició la división interna de los ejidos y de sus sociedades de crédito, formándose pequeños grupos.

En el valle del Yaqui se observó el desarrollo de una problemática similar. El reparto no entregó a los ejidos la totalidad de las haciendas trigueras y arroceras, sino sólo trozos y partes de diferentes propiedades, lo que hizo muy difícil crear una organización eficiente. Como en La Laguna, la competencia por el empleo produjo rivalidades, así como corrupción en la distribución de las tareas y del trabajo dentro del ejido.

Sin embargo, aún más grave resultó la intervención deficiente de los organismos de crédito oficial. Los ejidatarios no determinaban libre y conscientemente la calidad y cantidad de la semilla y los fertilizantes que adquirían, por lo que la introducción de nuevas tecnologías fue perjudicial y hasta catastrófica para muchos de los clientes del banco, aunque altamente lucrativa para los funcionarios y hombres de negocios.

Los campesinos empezaron a vender parte de sus insumos y de su producción en el mercado negro, lo que redundó en un mayor endeudamiento. Por ello, a mediados de los años sesenta aproximadamente 80% de los ejidatarios del valle del Yaqui ya no tenían el control directo de sus tierras y se habían resignado a recibir rentas mensuales o semanales, que se complementaban de manera ocasional con jornales por trabajar en sus propias parcelas.

Por último, en Nueva Italia los ejidatarios también padecieron subempleo, motivo por el cual fueron muy disputados los puestos de dirección y supervisión. No tardaron en aparecer la corrupción y el favoritismo, en gran medida fomentados por los funcionarios del banco, cuyos bajos salarios los hacían particularmente propensos a la búsqueda de ventajas personales en las operaciones del ejido colectivo. Para 1956 la desorganización y la falta de apoyos oficiales condujo a cancelar la explotación colectiva, a distribuir la tierra en parcelas individuales y a la repartición del ganado.