El 30 de marzo de 1998 se publicó el nuevo Reglamento interior de la Secretaría, que adecua su estructura, funciones y atribuciones al marco jurídico actual. Sus funciones sustantivas se orientan al ordenamiento de la propiedad rural, en las siguientes vertientes:

• La conclusión del rezago agrario.

• La culminación de las tareas jurídicas y administrativas derivadas de la aplicación de la Ley Federal de Reforma Agraria.

• La regularización de los predios que grupos campesinos tienen en posesión precaria.

• El deslinde y medición de terrenos baldíos, así como la declaratoria y en su caso enajenación de terrenos nacionales.

• Sustanciar y tramitar la expropiación de tierras ejidales y comunales.

• Conocer la acumulación de tierras ejidales por encima de los límites que señala la ley y ordenar a su poseedor enajenar los excedentes.
  
  

Como autoridad en materia agraria, debe dar seguimiento y atender los juicios y amparos hasta su culminación; mantener una comunicación constante con los dirigentes de las organizaciones campesinas locales, regionales y nacionales, a fin de canalizar las demandas, y realizar las labores de coordinación de las entidades del Sector Agrario.

Como resultado de la reestructuración orgánica derivada del nuevo Reglamento, la SRA dejó de realizar funciones que por Ley ya no le competen.